在秩父三十四觀音靈場巡禮的多數寺廟內，參拜者可獲蓋一種被稱為「御朱印」的特殊印章。御朱印是與各寺院神佛結緣的憑證，也是日積月累潛心修行的證明。沿著巡禮路，一一拜謁34座寺院，或誦佛經，或供奉所抄經文於佛前，或奉香油錢以代替抄經文為禮已成為慣例。除了作為供奉佛經的記錄，御朱印裡還涵括了蓋印日期、寺院名、主要供奉的神明等。巡禮朝拜所有的寺廟後，印章集齊，可作為旅行的紀念。時至今日，蒐集御朱印仍極受歡迎。

蒐集御朱印時需要一本名為「御朱印帳」的特殊手冊。這種小巧的冊子在許多寺廟都有販售，多以和寺廟相關的圖案或花紋裝飾。御朱印帳主要有兩種類型：一種採用手風琴狀裝訂，稱之為「蛇腹」——因摺疊起來類似於蛇的腹部，展開觀看全套印章時尤為方便；另一種採用傳統方式裝訂，稱「和綴」本。裝訂時以線綴合，可以像書一樣翻開。巡禮路上的34座寺院中，有22處出售御朱印帳，售價為1500日元，售出時已加蓋該寺印章。

蓋印流程

1. 入寺前，於正門處止步、脫帽、行禮。入寺門時，不可踩踏門檻，需小心跨過。
2. 寺門內坐落著一座流淌湧水的小型建築，稱「手水舍」。手水舍的清水為參拜前淨手清心所用。用小水瓢舀出清水淨手後，將少許倒入左手掌，捧起漱口即可。
3. 前往供奉觀音像的正殿，向放置於正中、頂部呈木柵欄狀的功德箱內投入香油錢。依照習俗，投擲25日元、41日元、45日元香油錢與投5日元、50日元的硬幣功效相同，尤為吉利。
4. 雙手合十，手指朝上，低頭行禮。
5. 進入可領取御朱印的建築「納經所」，將御朱印帳交予廟方人員蓋印。若沒有御朱印帳，可在此購買已蓋好該寺印章的御朱印帳。若不購買御朱印帳，也可花200日元購買蓋有御朱印的紙張，或是花費300日元請僧侶直接在自己的冊子上寫下精緻的墨書並加蓋朱印。如穿著傳統的無袖白衣（笈摺）或手持巡禮杖（金剛杖）的參拜者，也可要求廟方在白衣和巡禮杖上加蓋御朱印。因寺廟不設找零服務，故需預備零錢支付準確的金額。很多巡禮者為在巡禮路上的各寺廟求得御朱印，會特意事先準備許多100日元硬幣。

御朱印服務全年受理，時間從上午8點至下午5點。冬季（11月到2月）納經所提前一小時關門。慈眼寺（第十三寺）和常樂寺（第十寺）分別於下午3點和4點關門。

御朱印的歷史與起源

蒐集寺院印章的習俗可追溯至13世紀初，一般認為是由「六十六地」（六十六部）廻國聖（巡禮者）所創立。當時的「巡禮」是指向構成日本的66個小國家的特定寺院各獻一部手抄的《法華經》。江戶時代（1603-1867）掀起了巡禮熱潮，每年都會有數萬名巡禮者前往秩父，只是向寺廟交納手抄佛經的習俗（納經）逐漸消失，但御朱印卻仍深受歡迎。

1868年，明治政府下令明顯區別所有的佛教和神道教場所，但在此之前，兩種宗教已然融合，大部分形式的參拜在神社和寺廟均可進行。例如將佛教的佛和神道教的神置於一處供奉；又如「顯現」（一種互視對方神佛為本宗教神佛化身的思想行為）也並非稀奇。雖然兩教均可加蓋御朱印，但因其本源不同，純粹主義的信徒會將神社用與寺廟用的御朱印帳區分開來。此外，在秩父以外的部分寺廟和神社求取御朱印時，若御朱印帳上蓋有不同宗教的印章，有可能會被拒絕受理。拒絕的理由是，明治以後的政策中規定，不得在同一處供奉佛教與神道教的神佛，自然其御朱印也不宜於同處加蓋。不過，是否將御朱印帳分開使用，還是可依自身喜好而定。