宝登山神社奥宫位于宝登山（497米）山顶，是此山最古老的宗教场所。传说由日本神话中第12代天皇景行天皇之子——日本武尊于公元110年所建。当时皇子受指派前往东北地区平叛，归朝途中被宝登山的秀美奇景所吸引，故决意登山。皇子带着家臣，以山麓附近的山泉净身清心——在神道教中，这是进入神域前的重要仪式。不料登山途中，一行人突遇山火，受困其中，正值命悬一线之际，突现一黑一白两头神狼，灭烈火，救众人。之后二狼将皇子和家臣引至山顶后，悄然消失于无形。

日本武尊意识到是山中神灵差遣神狼相助，感铭神灵的救命之恩。不久，在山顶建造了一座“神篱”（顾名思义，指献给神灵的篱笆）。这是一座极其简朴的神坛，皇子以此祭祀日本传说中的三位神灵：第一代天皇神武天皇、神道教中的一位山神“大山祗神”，以及火神“火产灵神”。如今，这三位神灵仍然是宝登山神社的正统主祭神，神狼则被尊为神灵使者“御眷属”。

为纪念奥宫的建立，奥宫祭典“杜鹃花祭”会于每年5月2日举行。当天人们将日本武尊的神灵请到神轿里，抬起神轿从山麓的正殿行至山顶，并会在山顶祈愿祝祷、跳起神舞，以表达对日本武尊的崇敬之意。

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